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Au bord de l’Yonne, entre Joigny et Sens, la ripisylve — cette forêt qui longe les cours d’eau — forme un corridor dense d’aulnes et de frênes. Dans les étangs intra-forestiers de Puisaye, le Flûteau fausse-renoncule (Baldellia ranunculoides) s’accroche aux berges sans enrochement, plante amphibie si rare en Bourgogne qu’elle est protégée réglementairement. Sur les coteaux calcaires du Jovinien, des pelouses que le bétail n’entretient plus retournent lentement à la friche.
Chemin de halage, entre Joigny et Saint-Aubin-sur-Yonne © Pierre Pupier
Ces milieux ont un nom dans les inventaires scientifiques : des ZNIEFF — des Zones Naturelles d’Intérêt Écologique, Faunistique et Floristique. Depuis 1982, des botanistes, ornithologues et écologues les parcourent, les nomment, les cartographient. Ce que ces relevés révèlent sur le patrimoine naturel de l’Yonne mérite d’être lu par quiconque traverse ce département.
Note sur les sources : les données mobilisées ici ont été identifiées via le serveur MCP de data.gouv.fr — l’outil qui permet d’interroger le catalogue des données publiques françaises — et approfondies à partir des rapports du Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien (CBNBP) publiés en libre accès sur HAL.science. L’INPN (Inventaire National du Patrimoine Naturel), géré par le Muséum National d’Histoire Naturelle, est inaccessible depuis l’été 2025 suite à une cyberattaque sur ses serveurs.
Qu’est-ce qu’une ZNIEFF ?
Une ZNIEFF — Zone Naturelle d’Intérêt Écologique, Faunistique et Floristique — est un espace naturel inventorié par l’État en raison de sa valeur biologique. Lancé en 1982 par le ministère de l’Environnement, cet inventaire est coordonné par le Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) et ses délégations régionales. Pour l’Yonne et la Bourgogne, c’est la DREAL (Direction Régionale de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement) Bourgogne-Franche-Comté qui produit les données, avec l’appui scientifique du CBNBP.
Il existe deux types de zones :
Les ZNIEFF de type I sont des secteurs de superficie limitée, définis par la présence d’au moins une espèce ou un habitat dit « déterminant » — c’est-à-dire rare, menacé ou caractéristique du patrimoine naturel régional. Ce sont les zones les plus précises : une mare, un coteau, un boisement humide.
Les ZNIEFF de type II couvrent de grands ensembles naturels fonctionnels : une vallée entière, un massif forestier, un réseau d’étangs. Elles englobent souvent plusieurs ZNIEFF de type I et assurent une cohérence paysagère et écologique d’ensemble.
Une ZNIEFF n’est pas une protection juridique directe. Elle ne crée pas de droits ni d’interdictions en soi. Mais elle signale la présence d’espèces ou d’habitats protégés, ce qui déclenche des obligations lors de projets d’aménagement. En pratique, ne pas en tenir compte constitue souvent une erreur manifeste d’appréciation devant les tribunaux administratifs.
Les données ZNIEFF de Bourgogne-Franche-Comté sont accessibles en téléchargement libre sur data.gouv.fr. Pour aller plus loin sur les notions de biodiversité dans l’Yonne, la page Biodiversité dans l’Yonne : chiffres et état des lieux donne un panorama complémentaire.
La vallée de l’Yonne : ripisylves, prairies inondables, 54 végétations
La région naturelle de la Vallée de l’Yonne compte dix ZNIEFF de type I. En 2020, le CBNBP (Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien, délégation Bourgogne) y a conduit 45 relevés de végétation dans le cadre de son programme de connaissance des habitats naturels. Résultat : 54 végétations identifiées, dont 35 présentent à la fois un intérêt européen et régional.
Ces milieux se répartissent en trois grandes familles :
Les zones humides dominent avec 37 végétations. Ce sont les ripisylves — forêts galeries à aulnes glutineux et frênes communs qui longent les berges — mais aussi les prairies humides inondables, les cariçaies (formations à grandes laîches), et les roselières. La Lamproie de Planer (Lampetra planeri) et le Chabot (Cottus gobio), deux poissons d’intérêt européen listés dans la Directive Habitats, ont été recensés dans les cours d’eau les mieux préservés. Leur présence est un indicateur fiable de bonne qualité de l’eau.
Les milieux forestiers (12 végétations) comprennent les chênaies-charmaies sur plateaux et les forêts alluviales en bord de rivière. Ces dernières sont parmi les habitats les plus dégradés du secteur : l’extension des peupleraies industrielles et l’intensification agricole ont réduit les boisements alluviaux naturels à des lambeaux discontinus.
Les milieux prairiaux et pelousaires (5 végétations) correspondent aux prairies mésophiles — ni trop sèches ni trop humides — qui persistent sur les marges agricoles.
Le diagnostic posé par l’étude est sans ambiguïté : les végétations des lits majeurs sont lourdement impactées par l’eutrophisation (excès de nutriments d’origine agricole) et la substitution des boisements alluviaux par des peupleraies à croissance rapide.
Si vous marchez le long du chemin de halage entre Joigny et les communes riveraines, c’est dans ce paysage que vous cheminez — entre des milieux inventoriés par la science et fragilisés par les pratiques agricoles contemporaines.
Le Jovinien : coteaux calcaires et milieux menacés autour de Joigny
Le Jovinien est une région naturelle de 340 km² centrée sur Joigny, divisée en trois secteurs par la vallée de l’Yonne. Sa géologie est singulière : des formations marines crayeuses de l’ère secondaire constituent le socle, donnant des coteaux calcaires aux flores spécifiques que l’on ne trouve pas en Puisaye.
En 2021, le CBNBP a étudié les 8 ZNIEFF de type I du Jovinien — zones réparties sur des buttes, des coteaux et des petites vallées. 38 végétations ont été identifiées, dont 18 à la fois d’intérêt européen et régional. Quelques exemples représentatifs :
- Les pelouses calcicoles des coteaux exposés au sud abritent des espèces rares comme le Peucédan de France (Peucedanum gallicum), plante des lisières forestières déterminante pour l’inventaire ZNIEFF. Ces pelouses disparaissent progressivement depuis l’abandon du pâturage extensif — les moutons et les bovins qui les maintenaient ouvertes ont déserté ces terrains pentus peu rentables.
- L’Alisier de Fontainebleau (Sorbus latifolia) — arbre endémique de France, protégé réglementairement et inscrit au livre rouge de la flore menacée — a été relevé dans les lisières forestières de la région. Sa présence dans quelques boisements du Jovinien représente une responsabilité patrimoniale réelle pour le territoire.
- Le Lézard vert occidental (Lacerta bilineata), reptile protégé, se trouve ici proche de la limite nord de son aire de répartition. Les friches et ourlets herbeux des coteaux lui sont indispensables.
L’étude note que les pressions anthropiques conduisent à une « banalisation des cortèges floristiques » — c’est-à-dire au remplacement progressif d’espèces spécialisées par des espèces communes, moins exigeantes, capables de s’accommoder de milieux dégradés.
La Forêt Comestible de Joigny, initiative locale d’agroforesterie, s’inscrit dans ce contexte territorial : recréer, à petite échelle, des mosaïques de milieux qui répondent à la logique même des ZNIEFF — diversité des strates, continuité des corridors, présence d’espèces structurantes.
La Puisaye humide : étangs intra-forestiers, tourbières et espèces rares
La Haute-Puisaye repose sur des dépôts de sables et d’argiles de l’Albien — des formations géologiques imperméables qui ont favorisé, au fil des siècles, la création de centaines d’étangs en fond de vallée. Ce paysage d’eau, de forêt et de prairie humide est l’un des plus riches du département sur le plan écologique.
Dans la ZNIEFF n°260014942, qui couvre une vallée englobant massifs boisés, prairies et plusieurs étangs, le CBNBP a relevé des végétations aquatiques remarquables :
- Des herbiers flottants à Nénuphar blanc (Nymphaea alba) et Nénuphar jaune (Nuphar lutea), habitat d’intérêt régional
- Des herbiers d’Utriculaires (Utricularia sp.) — ces plantes carnivores aquatiques constituent un habitat d’intérêt européen, témoignant d’eaux peu chargées en nutriments
- Des prairies humides oligotrophes (pauvres en éléments nutritifs), également d’intérêt européen
- La tourbière du Saussois, qui associe sur un espace restreint tourbières à Sphaignes, prairies de fauche inondables et forêt à Aulne — une mosaïque d’habitats d’intérêt communautaire
L’espèce emblématique de ce secteur est le Flûteau fausse-renoncule (Baldellia ranunculoides), plante amphibie qualifiée d’exceptionnelle en Bourgogne par le CBNBP. Elle pousse en bordure des étangs à berges naturelles, sans enrochement. Sa présence est directement liée au maintien de berges douces et d’une gestion respectueuse des herbiers aquatiques.
Ces milieux sont aussi le pays de Hugues Barrey, éleveur bio en Puisaye, dont la pratique agricole extensive contribue à maintenir les prairies humides que la ZNIEFF recense. C’est aussi le territoire de Colette, dont l’œuvre est traversée par cette Puisaye secrète — la même que les botanistes inventorient aujourd’hui. Pour comprendre les zones humides en détail, une page dédiée les définit et en explique les fonctions écologiques. Et pour explorer la Puisaye sous l’angle du territoire et du patrimoine, la page Découvrir la Puisaye offre une entrée complémentaire.
Les données publiques au service de la connaissance du territoire
Les jeux de données ZNIEFF de Bourgogne-Franche-Comté — types 1 et 2 — sont publiés en licence ouverte sur data.gouv.fr par la DREAL BFC. Ils couvrent l’ensemble de la région, avec une dernière validation scientifique datant de 2020, menée par le Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel et confirmée par le MNHN.
Pour accéder aux fiches descriptives individuelles de chaque zone — espèces déterminantes, habitats, cartographies — l’INPN (Inventaire National du Patrimoine Naturel) était jusqu’ici la référence en ligne. Ses serveurs sont inaccessibles depuis l’été 2025, suite à une cyberattaque sur l’infrastructure du MNHN. Les équipes travaillent à la restauration progressive du service.
En attendant, les rapports scientifiques du CBNBP délégation Bourgogne sont accessibles sur HAL.science, archive ouverte de la recherche française. Les études sur le Jovinien (2022, Ombeline Ménard), la Vallée de l’Yonne (2020) et d’autres régions naturelles de l’Yonne y sont disponibles en téléchargement libre.
C’est l’une des spécificités de la recherche naturaliste française : des connaissances précises, accumulées par des botanistes de terrain, sont accessibles à tous — à condition de savoir où les chercher.
Ce que ces inventaires changent
Connaître l’existence des ZNIEFF ne change pas les paysages. Mais cela change le regard qu’on porte sur eux. L’Alisier de Fontainebleau que vous croisez sur un coteau du Jovinien n’est plus un simple arbre inconnu — c’est un endémique de France, en limite d’aire, dont la présence ici a mobilisé l’attention d’un botaniste. La prairie inondable en bord d’Yonne n’est plus un terrain vague — c’est un habitat d’intérêt européen, en régression, que les peupleraies grignotent méthodiquement.
Ce savoir n’est pas réservé aux spécialistes. Il est public, ouvert, construit par des décennies de travail naturaliste collectif. Il est le fondement de toute politique de conservation qui vaut la peine d’être prise au sérieux.
L’Yonne, département souvent regardé de biais entre Paris et Lyon, abrite des milieux que peu de territoires comparables peuvent revendiquer. Le Flûteau fausse-renoncule de Puisaye, la Lamproie de Planer dans les affluents préservés, les pelouses calcicoles du Jovinien en sont les témoins silencieux. Ils méritent mieux que l’indifférence.